「ヤマトよ永遠に」((C)東北新社)をベースにゲームが進行します。太陽系は暗黒星団帝国により奇襲を受け、完全占領下に置かれました。ヤマトは地球人類の危機を救うため敵地を目指します。艦隊戦では、本格的シミュレーションで主力艦隊はもちろん、宮武一貴氏デザインの今作オリジナルの艦隊も多数参戦します。一方地球防衛軍はパルチザンを組織し抵抗します。白兵戦はステージも変化に富み、色々なアイテムも隠されていてアドベンチャー要素も盛りだくさんです。