西暦2600年。戦火が三度世界を焼き尽くし、大地の大半が水没してしまった時代。戦争に生き残った人々は、廃材を繋いで作った海上の浮島や旧時代のエンジン船で生活していた。もはや世界の主役は人類ではなかった。海には、突然変異で生まれた巨大な海獣達が我がもの顔で徘徊し、そこで生活する者に脅威を与えていた。君はモンスターハンターとなり、大海獣を捕獲せよ！！